- IKIP PGRI Wates didirikan pada tanggal 15 Maret 1968, berada di bawah Yayasan Pendidikan PGRI Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan Akta Notaris R.M. Suryanto Partaningrat No. 03 tanggal 3 Mei 1961.
- Pendidikan yang dikembangkan pada waktu berdirinya adalah Program Sarjana Muda.
- Pada saat berdirinya IKIP PGRI Wates memiliki dua fakultas dengan dua jurusan; yaitu (a.) Fakultas Keguruan Ilmu Sosial (FKIS), dengan jurusan : Sejarah, dan (b.) Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), dengan jurusan Teori dan Filsafat Pendidikan
- Pada awalnya IKIP PGRI Wates berstatus Terdaftar sesuai Surat Keputusan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi No. : 44.a/DPT/I/69 tanggal 28 Oktober 1969.
- Pada tahun akademik 1982/1983 FIP membuka jurusan baru; yaitu Jurusan Bimbingan dan Penyuluhan.
- Jurusan baru tersebut pada tahun 1998 memperoleh Status Terdaftar.
- Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. : 042/1985 tertanggal 28 Januari 1985, pada seluruh Program Studi yang terdapat pada IKIP PGRI Wates menyelenggaran Program Jenjang Strata I (SI).
- Tahun 1991 Jurusan Teori dan Sejarah Pendidikan dinyatakan passing out.
- Pada tahun 1995, berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Depdikbud Republik Indonesia No. : 031/DIKTI/Kep/1995 tertanggal 14 Pebruari 1995, Jurusan Sejarah memperoleh peningkatan status ke status Diakui.
- Pada tahun 1998 Jurusan Pendidikan Sejarah, sesuai dengan Surat Keputusan BAN PT No. : 01756/Ak-II.1/IK .2 CFS/XII/1998 tertanggal 22 Desember 1998, memperoleh Status Akreditet dengan peringkat C. Status Akreditet tersebut kemudian mengalami peningkatan menjadi Status Terakreditet peringkat B.
- Tahun 1999, Program Studi Bimbingan Konseling (BK) memperoleh status Akreditet peringkat C sesuai Surat Keputusan BAN PT Depdiknas RI No. : 012/BAN-PT/Ak.VI/2000 tanggal 22 Juni 1999 dengan peringkat C.
- Saat ini semua program studi telah berstatus Akreditet : (a.) Prodi Pendidikan Sejarah : Terakredited sesuai SK. No. 004/BAN-PT/AK-V/S1/IV/2007 Nilai B. (b.) Prodi Bimbingan Konseling : Terakredited sesuai SK. No. 017/BAN-PT/AK-VII/S1/V/2004 Nilai B.